Pendirian Museum ini merupakan gagasan dari Prof. Drg. RG Indrayana (alm.) dan Prof. Ir. Moeso Soeryowinoto (alm.). Beliau berdua dalahan tenaga pendidik Fakultas Biologi UGM.
Awalnya, koleksi museum ini merupakan penggabungan dari koleksi Musium Zoologicium yang dikelola, Prof.
Drg. RG Indrayana (alm) dan koleksi Museum Herbarium yang dikelola Porf. Ir. Moeso Soeryowinoto (alm.)
Sejak tahun 1956, kedua museum ini bersama-sama berada di bawah Fakultas Biologi UGM. Yogyakarata yang kala itu masih bertempat di Ndalem Mangkubumen, Ngasem, Kondang dengan sebutan Fakultas kompleks Ngasem.
Pada perkembangan selamjutnya, atas prakarsa Dekan Fakultas Biologi, IRr. Suryo Adisewoyo(alm.) bertepatan dengan Dies Natalis Fakultas Biologi UGM, pada tanggal 20 September 1969, diresmikanlan museum Biologi yang terletak di jalan Sultann Agung N0.22, KEcamatan Mergangsan, Kotamadya Yogyakarta, Propinsi DIY.
Peresmian dilakukan oleh Rektor Universitas Gadjah Mada, Prof. Dr. Soeroso H, Prawirohardjo, M.A. (alm.). Museum Biologi UGM mulai dibuka untuk umum sejak 1 Januari 1970.
Tahun 1969 hingga 2001, pengolahan museum ini dibawah tanggunjawab Drs. AnthonSukahar sebagai ketua tim pelaksana sekaligur Kepala/Direktur Museum yang pertama.
Kepala Museum selanjutnya adalah Tenaga Pendidik (Dosen) Fakultas Biologi UGM yang ditunjuk oleh Dekan Fakultas Biologi UGM melalui Surat Keputusan Dekan.