Museum Biologi UGM termasuk kategori museum khusus, yakni museum khusus pendidikan, dengan fokus pendidikan hayati. Koleksi Flora berupa herbarium basah dan kering. Museum Biologi UGM memiliki beberapa koleksi fauna berupa awetan basah, taksidermi dan kerangka. Koleksi-koleksi tersebut sebagian berasal dari Indonesia, serta beberapa dari luar negeri yang merupakan sumbangan dari peneliti, dosen maupun masyarakat. Beberapa kolesi merupakan fauna langka dan wajib dilindungi seperti komodo, harimau, beruang madu, trenggiling, burung cendrawasih dan burung elang.
Koleksi Museum Biologi merupakan wahana pendidikan bagi masyarakat. Pengetahuan mengenai keanekaragaman flora dan fauna dapat diperoleh pengunjung melalui pengamatan langsung terhadap koleksi dan informasi yang menyertainya.
Beberapa koleksi fauna ditampilkan dalam sejumlahdiorama tematik yang menggambarakn kondisi habitat mereka di alam. Beragam koleski kerangka fauna juga akan memperkaya khasanah pengetahuan pengunjung. Kerangka gajah Nyi Bodro yang berasal dari Keraton Yogyakarata Hadiningrat, badak jawa, dugong, kuda dan waladi merukan sebagaian koleksi kerangka unggulan Museum Biologi UGM.
Koleksi flora ditampilkan dalam bentuk herbarium basah dan kering. Koleksi simplisia berupa biji-bijian lokal dan tanaman obat yang mewakili tradisi dan udaya juga dimiliki oleh museum Biologi.